Thèse soutenue avec succès !
La doctorante du projet a soutenu avec bravour fin septembre 2018 sa thèse entitulée Evaluation de l'état des populations de raie bouclée.
Le mémoire de thèse est disponible ici (sur le mot ici mettre lien https://archimer.ifremer.fr/doc/00471/58268/)
Résumé de la thèse
Sous l'effet de la pêche, de nombreuses espèces de raies des eaux européennes ont décliné au cours du 20ème siècle. La conservation de ces espèces est un objectif majeur quant à la gestion des ressources marines. La raie bouclée (Raja clavata) est l'espèce de raie la plus répandue d'Atlantique Nord-Est. Sa gestion, basée sur un quota non spécifique, repose principalement sur les observations scientifiques et professionnelles et non sur des méthodes d'évaluations d'abondance. Les objectifs de cette thèse consistent ainsi à comparer les méthodes d'évaluations d'abondances disponibles pour cette espèce et à les appliquer aux données disponibles. Deux grands axes sont creusés : l'utilisation de méthodes basées sur la démographie de l'espèce et de méthodes basées sur la génétique. Cette thèse s’articule autour de 3 grandes parties : 1) délimitation des populations de raie bouclée pour leur gestion ; 2) évaluation de l’abondance des populations de raie bouclée ; 3) comparaison de l’état de la raie bouclée avec les autres espèces de raies de l’Atlantique Nord-Est.
Actuellement, la délimitation des populations de raie bouclée se base principalement sur des limites administratives mais les premiers résultats d’une étude par simulation montrent qu'étudier la connectivité démographique de cette espèce permettrait de définir des unités de gestion appropriées. La connectivité génétique ne semble pas appropriée pour définir des unités de gestions mais elle renseigne plutôt sur des aspects conservation.
L'évaluation d'abondance des populations grâce aux données de pêche est rendu possible grâce à des modèles stochastiques. Le modèle développée est un modèle Bayésien de production de biomasse à états latents. Les résultats dans le Golfe de Gascogne semblent montrer une stagnation de l'espèce à une abondance faible (7% de sa capacité d’accueil). Étudier l'abondance génétique de la raie bouclée permettrait à priori d'affiner ce résultat en étudiant la taille de population efficace (Ne). Pour ce faire, des simulations de données génétiques (type SNPs) de populations raie bouclée ont été réalisées et la taille de population efficace de ces populations est calculée avec différents estimateurs (Linkage Disequilibrium et la méthode temporelle corrigée pour les générations chevauchantes). Les premiers résultats montrent un biais systématiques des estimations ainsi qu’une faible précision ne pouvant être complétement compensée par l’augmentation du nombre de marqueurs génétiques utilisés. De plus, d’autres résultats préliminaires mettent en avant que pour une population de 100 000 raies simulées, la moitié des estimations de Ne sont négatives malgré une Ne simulée de 8 700 individus.
Six espèces de raies sont présentes dans le Golfe de Gascogne dans des habitats similaires. Les données spécifiques disponibles sur ses espèces sont variables mais souvent insuffisantes pour estimer leur abondance seule. Un modèle Bayésien d’évaluation de l’abondance des espèces de raie a ainsi été développé afin d’estimer l’état de ces espèces en se basant sur des données non spécifiques et une espèce dont les données sont plus nombreuses et fiables (la raie bouclée). Les premiers résultats présente une faible précision et mettent en avant un changement dans la composition spécifique de raies du Golfe de Gascogne entre aujourd’hui et 1950 avec une seule espèce seulement se trouvant à un état satisfaisant, la raie fleurie (Leucoraja naevus). Avec ce modèle, l’état actuel de la raie bouclée est estimé autour de 25% de sa capacité d’accueil.